Kønsidentitet og seksuel orientering er uafhængige dele af en persons seksuelle identitet, som normalt er i harmoni med genitalia, men ikke altid. Denne gennemgang diskuterer, hvordan prænatale faktorer, især hormonelle påvirkninger, former hjernens udvikling og seksuel adfærd. Der er dog undtagelser, og genetiske og immunologiske faktorer spiller også en rolle. Samlet set indikerer beviser, at biologiske faktorer væsentligt bidrager til udviklingen af seksuel identitet og orientering.